Untitled Document
Đăng nhập
Username:
Password:
Liên hệ quảng cáo

Số lượt truy cập

Đang có 1 người xem.

Search in TCYH

Keywords    

TÌM KIẾM NÂNG CAO          
  Tác giả :
Nhan đề :
Tóm tắt :
Title :
Abstract :
Từ năm :    đến :

* Năm 2016 - Tập 20 - Số 1
LÀM GIÀU TRÌNH TỰ TOÀN BỘ EXON CỦA GEN ARID1A TRONG U NGUYÊN BÀO THẦN KINH

Lê Thị Kim Hòa*, Phạm Thị Hồng Đào*, Bùi Thị Thanh Huyền**, Nguyễn Thị Hà Giang***, Bùi Chí Bảo***

TÓM TẮT :

Giới thiệu: U nguyên bào thần kinh (UNBTK) là dạng u đặc nguyên phát của mô thần kinh giao cảm, có nguồn gốc từ tế bào mào thần kinh, thường gặp nhất trong các loại ung thư ở trẻ em, chiếm 15% các trường hợp tử vong do ung thư ở trẻ em. Gần đây, những nghiên cứu về giải trình tự gen thế hệ mới (high-throughput next generation sequencing) đã phát hiện các đột biến liên quan đến điều hòa ngoại di truyền trong ung thư trẻ em, đặc biệt là gen ARID1A ở UNBTK. ARID1A là một tiểu phần của phức hợp SWI/SNF tham gia điều hòa phiên mã gen thông qua thay đổi cấu trúc chromatin. Do đó, việc xây dựng quy trình giải trình tự gen thông qua làm giàu sản phẩm các exon ARID1A là cần thiết.

Mục tiêu: Tối ưu hóa quy trình PCR khuếch đại toàn bộ 20 exon và vùng tiếp giáp exon-intron của gen ARID1A.

Phương pháp: Khảo sát mồi in silico, khảo sát nhiệt độ bắt cặp, tối ưu hóa các điều kiện phản ứng PCR, kiểm chuẩn bằng phương pháp giải trình tự. Áp dụng quy trình khảo sát trên DNA được tách chiết từ máu nhóm đối chứng và từ khối u của 3 bệnh nhân UNBTK. Toàn bộ sản phẩm khuếch đại được xác định bằng kỹ thuật giải trình tự Sanger.

Kết quả: Tối ưu được phản ứng PCR của các cặp mồi của 20 exon từ một phần exon 1 (1b) đến exon 20. Tuy nhiên, exon 1a chưa được tối ưu hóa thành công do sản phẩm gen chứa nhiều vùng giàu GC.

Kết luận: Quy trình tối ưu hóa PCR thành công là bước đầu xây dựng quy trình giải trình toàn bộ exon của gen ARID1A thành công.

Từ khóa: U nguyên bào thần kinh, làm giàu sản phẩm PCR, ARID1A. 

ABSTRACT :

Background: Neuroblastoma (NB) is a primitive solid tumor of sympathetic system which originates from neural crest. NB is the most common tumor of children, accounting for 15% cases of death in pediatric cancer. Recent studies using high-throughput next generation sequencing identified mutations that involved in epigenetic regulations, particularly ARID1A gene in neuroblastoma. ARID1A is a subunit of SWI/SNF complex which participates in transcriptional regulation through chromatin remodeling. Until now, there is no ARID1A sequencing data reported of NB cases in Vietnam. Therefore, establishing the process of ARID1A sequencing through enriching ARID1A exon products is required.

Objective: To identify all 20 exons and exon-intron boundary regions of ARID1A gene.

Methods: Optimizing all PCR parameters for 20 exons of ARID1A gene. DNA was extracted from blood of healthy people and tumors of neuroblastoma patients. All PCR products were confirmed by Sanger method.

Results: PCR products showed specific for all primer designs of ARID1A from exon 2 to 20, and partial exon 1 (1b). Exon 1a was unqualified due to high GC contents.

Conclusion: Successful optimization for 20 exons of ARID1A and ready to step in next sequencing of  the  whole exomes.

Key words: Neuroblastoma, enrichment, sequencing, ARID1A.

Toàn văn HTML |  Toàn văn PDF