Untitled Document
Đăng nhập
Username:
Password:
Liên hệ quảng cáo

Số lượt truy cập

Đang có 1 người xem.

Search in TCYH

Keywords    

TÌM KIẾM NÂNG CAO          
  Tác giả :
Nhan đề :
Tóm tắt :
Title :
Abstract :
Từ năm :    đến :

* Năm 2016 - Tập 20 - Số 2
KHÁM PHÁ CHẤT ỨC CHẾ TIỀM NĂNG CHO PROTEIN nsP3 CỦA VIRUS CHIKUNGUNYA BẰNG PHƯƠNG PHÁP IN SILICO

Nguyễn Thụy Việt Phương*, Haibo Yu**, Paul A. Keller**

TÓM TẮT :

Mở đầu: Trong những năm gần đây, virus Chikungunya (CHIKV) xuất hiện ở nhiều nước trên thế giới, trở thành mối đe dọa cho sức khỏe của con người và là gánh nặng cho những nước bị nhiễm. Triệu chứng bệnh tương tự như bệnh sốt xuất huyết, đặc biệt là chứng đau khớp có thể kéo dài hàng tuần đến hàng tháng, ảnh hưởng đến sức khỏe của người lao động. Đến nay vẫn chưa có vaccin hay thuốc cho điều trị CHIKV.

Mục tiêu: Tìm kiếm thuốc ức chế CHIKV dựa vào protein nsP3 của virus.

Đối tượng – Phương pháp nghiên cứu: Các phương pháp như gắn kết phân tử, sàng lọc ảo và mô phỏng động học phân tử được sử dụng. Sàng lọc thuốc được thực hiện với dữ liệu là các chất trong NCI Diversity Set II. Mô phỏng phân tử được tiến hành để khảo sát tính bền và độ chính xác của liên kết giữa chất ức chế và protein. Năng lượng liên kết cho chất ức chế được tính theo phương pháp năng lượng gắn kết LIE, và được so sánh với giá trị từ docking.

Kết quả: NCI_61610 được nhận dạng là chất ức chế tiềm năng cho CHIKV. Hợp chất NCI_61610–nsP3 ổn định trong quá trình đông học phân tử. Năng lượng gắn giữa NCI_61610 và nsP3 được tính từ dữ liệu mô phỏng là tương tự với kết quả đạt từ phương pháp docking.

Kết luận: Nghiên cứu cho thấy sự kết hợp thành công của các tiếp cận tính toán trong khám phá thuốc cho CHIKV.

Từ khóa: chikungunya virus, gắn kết phân tử, sàng lọc ảo, mô phỏng động học phân tử, nsP3 macro domain.

ABSTRACT :

Background and Objectives: CHIKV has emerged in numerous countries in the last few years. It has become a worldwide threat to human health, leading to an economic burden for affected countries. The symptoms are similar to Dengue Fever, including high fever, headache, rash, and vomiting. In particular, myalgia or pain in joints exists from weeks to months, which affects health of patients. However, there is currently no vaccine or effective drug available to combat the virus. This study discovers potential inhibitors for the CHIKV targeting its nsP3 macro domain.

Method: A combination of computational approaches such as molecular docking, virtual screening and molecular dynamics simulation was applied. Virtual screening based on docking was carried out using the library database of compounds from NCI Diversity Set II. Molecular dynamics simulation was subsequently used to investigate the dynamic behavior of the nsP3 and its complex, and provide the precise of protein-ligand binding. The absolute binding free energy was estimated by the linear interaction energy method and compared with the binding affinity obtained from docking.

Results: NCI_61610 was selected as a potential drug for CHIKV targeting the nsP3 of the virus. Analysis of the simulation results confirmed that the docked ligand NCI_61610 in the complex with nsP3 was stable during the 50 ns simulation. Through analyzing the hydrogen bonding and hydrophobic interactions between the ligand and nsP3, key residues were identified. The absolute binding free energy of NCI_61610 calculated from simulations results is similar to binding affinity predicted with docking.

Conclusion: The study shows a good combination of computational approaches in discovering in silico lead compound which target the CHIKV nsP3 enzyme.

Key words: chikungunya virus, molecular docking, virtual screening, molecular dynamics simulation, nsP3 macro domain.

Toàn văn HTML |  Toàn văn PDF