Untitled Document
Đăng nhập
Username:
Password:
Liên hệ quảng cáo

Số lượt truy cập

Đang có 1 người xem.

Search in TCYH

Keywords    

TÌM KIẾM NÂNG CAO          
  Tác giả :
Nhan đề :
Tóm tắt :
Title :
Abstract :
Từ năm :    đến :

* Năm 2017 - Tập 21 - Số 1
PHÂN TÍCH CẤU TRÚC PROTEIN CỦA VIRUS CÚM A SỬ DỤNG CHO CÁC NGHIÊN CỨU IN SILICO

Vũ Đức Duy*, Nguyễn Thụy Việt Phương*

TÓM TẮT :

Mở đầu: Các thuốc được FDA chấp thuận trong điều trị cúm như: amantadin, rimantadin, oseltamivir, và zanamivir. Tuy nhiên việc xuất hiện các chủng kháng thuốc và các đại dịch cúm đã đang đặt ra vấn đề cấp bách trong việc tìm ra thuốc mới có tác dụng trên các chủng kháng thuốc và ngăn ngừa các đại dịch. Trong đó, việc phân tích để chọn lựa cấu trúc protein phù hợp của các mục tiêu tác động là bước đầu quan trọng trong quá trình khám phá thuốc dựa trên phương pháp in silico.

Mục tiêu: Phân tích và chọn lựa cấu trúc protein phù hợp của các đích tác động ở virus cúm A cho việc khám phá thuốc mới.

Đối tượng và phương pháp nghiên cứu: Các protein mục tiêu liên quan đến quá trình khám phá thuốc kháng virus cúm A được sàng lọc và tải về từ PDB. Sau đó các protein này được xử lý và thực hiện redocking bằng phần mềm AutoDock Vina 1.1.6. Hệ số RMSD, ái lực gắn kết và phần trăm các acid amin tương tác được dùng để phân tích khả năng tái tạo thực nghiệm của phần mềm.

Kết quả: Từ bốn mục tiêu tác động là M2, NA, PA, PB2 có liên quan đến quá trình bệnh sinh của virus cúm A, sàng lọc được 15 mã cấu trúc từ 278 mã protein trên PDB cho quá trình redocking. Chọn lựa được các mã protein 1BJI, 1L7F, 4AWK, 4YD0 có RMSD < 2 Å là những mã protein thích hợp được sử dụng cho các nghiên cứu khám phá thuốc in silico.

Kết luận: Nghiên cứu đã phân tích để chọn lựa các mã protein thích hợp sử dụng cho các nghiên cứu in silico trong khám phá thuốc kháng virus cúm A.

Key words: virus cúm A, mục tiêu tác tác động, M2, PA, PB2, NA, khám phá thuốc, docking

ABSTRACT :

Background and Objectives: Up to now, some drugs have been approved by FDA for the treatment of influenza A including amantadine, rimantadine, oseltamivir, and zanamivir. However, emergence of new resistant virus strains as well as many flu pandemic threats in recent years demand an urgent action on discovering more powerful and effective drugs. Among that, identify and determine therapeutic targets for in silico approach is the first phase but plays an crucial role in drug discovery.

Method: Based on protein targets of influenza A virus, the protein structures from Protein Data bank were screened and subsequently, processed and redocked using AutoDock Vina 1.1.6 programs. The results were analyzed in terms of RMSD value, binding affinity and percentage of acid-amine-binding into protein to evaluate the potential of proteins for virtual screening in the near future.


Results: According to four identified protein targets including M2, NA, PA, PB2 that have crucial roles in viral life cycle, 15 proteins from Protein Data Bank were retrieved from 278 protein structures. As the results

1BJI, 1L7F, 4AWK, 4YD0 were selected as four suitable protein targets for antiviral drug discovery based on their RMSD values, binding affinities and percentages of acid-amine-binding into proteins.

Conclusion: The study analysed the structures of protein targets to select the suitable proteins for anti- influenza A virus drug discovery using in silico approaches.

Keywords: Influenza A virus, therapeutic targets, M2, PA, PB2, NA, drug discovery, molecular docking

Toàn văn HTML |  Toàn văn PDF