Untitled Document
Đăng nhập
Username:
Password:
Liên hệ quảng cáo

Số lượt truy cập

Đang có 1 người xem.

Search in TCYH

Keywords    

TÌM KIẾM NÂNG CAO          
  Tác giả :
Nhan đề :
Tóm tắt :
Title :
Abstract :
Từ năm :    đến :

* Năm 2017 - Tập 21 - Số 1
XÁC ĐỊNH GENE KHÁNG KHÁNG SINH TỪ DỮ LIỆU GIẢI TRÌNH TỰ BỘ GEN CỦA CHỦNG ACINETOBACTER BAUMANNII ĐA KHÁNG LÂM SÀNG

Lê Võ Hồng Ngọc*,** , Lê Thị Liên**, Trần Thị Bích Phượng**, Lê Quốc Thịnh*** Lê Hà Tầm Dương**, Cao Thị Bảo Vân**

TÓM TẮT :

Mở đầu: Acinetobacter baumannii thuộc nhóm tác nhân gây nhiễm khuẩn bệnh viện hàng đầu. Chúng đang có xu hướng kháng với nhiều loại kháng sinh, kể cả carbapenem thuộc nhóm beta-lactam thế hệ mới nhất. Sự lan rộng các chủng đa kháng trở thành một thách thức lớn trong điều trị. Cơ chế kháng kháng sinh ở vi khuẩn có nhiều dạng, đặc biệt là sự kết hợp các cơ chế giúp vi khuẩn kháng với nhiều loại kháng sinh hay tăng mức độ đề kháng. Giải trình tự thế hệ mới đang là một phương pháp hiệu quả trong nghiên cứu kháng thuốc, cho phép khảo sát hệ gene kháng trên toàn bộ trình tự bộ gene vi khuẩn.

Mục tiêu: Xác định các gene kháng thuốc từ dữ liệu giải trình tự bộ gene của vi khuẩn bằng các công cụ tin sinh học.

Phương pháp: Giải trình tự bộ gen của chủng A. baumannii đa kháng kháng sinh, lắp ráp tạo scaffold, sau đó chú giải các gene kháng.

Kết quả: Vi khuẩn chứa các bơm đào thải thuốc gồm: AdeABC, AdeFGH, AdeIJK, AbeM, AbeS và MsrE. Chủng này còn mang 9 gene mã hóa các enzyme tác động lên nhiều nhóm kháng sinh khác nhau và 2 gene kháng carbapenem là blaOXA-23 và blaOXA-66. Ngoài ra, vi khuẩn cũng có nhiều gene chưa rõ chức năng nhưng dự đoán cấu trúc protein cho thấy tiềm năng liên quan đến tính kháng thuốc.

Kết luận: Chủng A. baumannii đa kháng mang nhiều gene mã hóa các bơm đào thải cùng các enzyme phân hủy kháng sinh. Mức độ kháng carbapenem cao có thể do sự kết hợp của carbapenemase cùng với các cơ chế khác. Nhìn chung, đây là kết quả bước đầu cho các nghiên cứu tiếp theo nhằm làm rõ vai trò của các yếu tố tham gia vào cơ chế kháng thuốc và chức năng của các gene mới.

Từ khóa: giải trình tự bộ gene, Acinetobacter baumannii, đa kháng thuốc

ABSTRACT :

Background: Acinetobacter baumannii is one of the most common opportunistic bacterial pathogens associated with nosocomial (or hospital-acquired) infections, they tend to have resistance to multiple antibiotics, including carbapenem which is the last generation of beta-lactam. The spread of multidrug-resistant clinical A.baumannii becomes a major challenge in the treatment of nosocomial infections. Resistance to antimicrobials can be caused by several mechanisms; the combination of different mechanisms increases the level of resistance to multiple antibiotics. Next-generation sequencing becomes an effective method in studying of antibiotic resistance

using bacterial whole-genome sequence data.

Objectives: Using bioinformatics tools to analyze the bacterial whole-genome sequencing data and identify antibiotic resistance genes associated with multidrug resistance.

Methods: Whole-genome sequencing of a multidrug-resistant A. baumannii strain, scaffolding contigs, then annotation of antibiotic resistance genes.

Results: The genome of A. baumannii consists efflux pumps such as AdeABC, AdeFGH, AdeIJK, AbeM, AbeS and MsrE. We identified 9 genes encoding enzymes that inactivate many different antibiotic groups and 2 carbapenem resistant genes, including blaOXA-23 and blaOXA-66. In addition, many genes of unknown function were found, however, protein structure prediction revealed that they can be related to antibiotic resistance.

Conclusions: The multidrug-resistant A.baumannii strain has many genes encoding efflux pumps and enzymes associated with antibiotic resistance. High level of carbapenem resistance may be due to a combination of carbapenemase with other mechanisms. Overall, this is the initial results for further studies to clarify the role of factors involve in the mechanisms of antibiotic resistance as well as the function of new genes.

Key words: Whole-genome sequencing, Acinetobacter baumannii, multidrug-resistance (MDR)

Toàn văn HTML |  Toàn văn PDF